Volcano plotとは？
Volcano plot(ボルケーノプロット、火山プロット)
Volcano plotは、マイクロアレイやRNA-Seqデータの分析においてよく使用されるグラフの１つです。見た目が火山に似ていることからVolcano plotと呼ばれています。
異なる条件やグループ間における遺伝子発現の変動を比較(DEG解析)した際に得られる変動比(fold change)とその統計的有意性をプロットしたグラフです。 x軸は変動比、y軸は統計的有意性を表し、各遺伝子は1つの点としてプロットされます。
Volcano plotの見方
x軸に注目すると、右側が発現量が増加した遺伝子、左側が発現量が減少した遺伝子を表します。y軸は上に行くほど統計的有意性が高い遺伝子を表します。
発現の変動比が大きく、その統計的有意性が高い遺伝子は、図の右上や左上に位置することになります。
Volcano plotは遺伝子発現データの解釈に役立ちますが、単独ではなく他の解析手法や統計的な手法と組み合わせて使用することが推奨されます。
Volcano plotの例
論文に必要な解析が簡単にできるRNA-Seqデータ解析ツール
RNA-Seqデータ解析ツールを利用すれば、外部委託や共同研究者への依頼は必要ありません。高スペックなコンピュータの準備やLinuxコマンドの操作も不要ですので、いますぐにご自身で解析できるようになります。
遺伝子発現量の定量、発現変動遺伝子抽出(DEG解析)、Volcano plot描画、MAプロット描画、ヒートマップ描画、GO解析、パスウェイ解析等 を簡単に実施できます。