【fasterq-dumpの使い方】公共データベースからFASTQファイルを取得
はじめに
次世代シーケンサーから得られるシーケンスデータを用いた論文が投稿される際に、そのシーケンスデータは公共データベースに登録されることが一般的です。 本ページでは、SRA Toolkitのfasterq-dumpを使って公共データベースからFASTQファイルを取得する手順を説明します。
SRA Toolkitのインストール
こちらにバイナリが用意されているのでダウンロードしていきます。
以下の操作でダウンロードと解凍を行います。
(Macの場合)
sratoolkit.*-mac64/bin にパスを通しておくと良いでしょう。
FASTQファイルの取得にはfasterq-dumpを用いますので、fasterq-dumpのヘルプを表示してみます。
以下のような内容が表示されれば成功です。
アクセッション番号の取得
FASTQファイルの取得
FASTQファイルの取得にはfasterq-dumpを用います。fastq-dumpというツールもありますが、fasterq-dumpはその高速版に当たります。
以下のコマンドで FASTQファイルを取得します。
以下のように表示されたら取得完了です。
カレントディレクトリに「SRR20791120.fastq」が作成されました。
ペアリードに対しては以下のようにオプションを使用することで、ファイルを分けて取得することができます。
「SRR20791120_1.fastq」と「SRR20791120_2.fastq」が作成されました。
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