RNA-Seq受託解析を依頼する際の注意点 | どの業者に依頼すれば良い？

• ライブラリー調整
• シーケンス
• データ解析

予算の都合等もあるかと思いますので、価格は非常に重要なポイントなるかと思います。 安い業者では1検体あたり3万円程度のようです。海外でシーケンスを実施する業者の方が日本国内で実施する業者よりも安い傾向があります。

また、検体数が多い場合には単価を安くしてくれることもありますので、複数に分けて依頼するよりは可能な限りまとめて依頼した方が良さそうです。 納品やサンプル送付に対して費用がかかる業者もありますので、この場合にも多くの検体をまとめて依頼した方が１検体あたりの価格は安くなります。

複数の業者の価格を比較したい場合には、RNA-Seq一括見積サービスを是非ご利用ください。

業者によって納期は大きく異なります。2週間〜3ヶ月程度のことが多いようです。

実際のシーケンスにはそこまで時間はかかりませんが、次世代シーケンサーでは大量のデータが得られますので、基本的に他のユーザーとまとめてシーケンスすることになり、他のユーザーを待つために納期が長くなってしまいます。NovaSeq 6000のように１回のRunで多くのデータが取得できるシーケンサーを用いている方が、データあたりの価格は安くなりますが、より多くのユーザーのサンプルをまとめてシーケンスすることになりますので、納期が長くなる傾向があります。 このような背景から、大量のサンプルをまとめて依頼する場合には、納期面での交渉はしやすいでしょう。

送付されたサンプルの品質チェックを業者で行い、問題がある場合にはサンプルの再送付が必要になることもあります。 そのため、品質チェック完了後からの納期を設定している業者も多いです。納期に余裕を持って依頼することをおすすめします。

業者によって使っているシーケンサーは異なります。多くの場合でNovaSeq 6000等のイルミナ社のシーケンサーが使われています。イルミナ社のシーケンサーの種類についての詳細はこちらをご覧ください。

業者の中にはMGI社のDNBSEQを使った受託サービスを提供しているところもあるようです。 実績の点ではイルミナ社の方が豊富ですが、DNBSEQを使った受託サービスの方が価格は安いですし、データの品質の点でもイルミナ社と遜色がないという結果もあるようです。

シーケンスによって得られるデータ量は毎回異なりますが、多くの業者では目安としてどれくらいのデータが得られるか提示しています。

自分が行いたい解析に十分なデータ量が得られるか確認が必要です。ヒトやマウス等で通常の遺伝子発現解析を実施するのであれば、4000万リードもあれば十分でしょう。

シーケンスを行うとFASTQファイルという生データが得られます。 その後の解析には、遺伝子発現の定量、発現変動遺伝子の抽出(DEG解析)、GO解析、バスウェイ解析等が考えられますが、どこまで受託業務に含まれているか確認が必要です。 業者によっては、別途料金が必要であったり、対応ができない場合があります。 また、対応できる場合でも解析に使用するソフトウェアやアウトプットの形式は業者によって異なりますので、本当に欲しい結果が得られるか確認が必要です。

弊社で提供しているRNA-Seqデータ解析ツールでは、FASTQファイルをインプットとして、遺伝子発現の定量、発現変動遺伝子(DEG)の抽出、GO解析、バスウェイ解析等が初心者でも簡単に行えますので、是非ご利用ください。

その他にも業者を選定する観点として、必要なサンプル量、使用する試薬、納品物、納品方法、再委託の有無等があります。

RNA-Seq受託解託サービスを提供している業者は以下のようにたくさんあります。

• 株式会社マクロジェン・ジャパン
• ノボジーン（Novogene）
• クラボウ（倉敷紡績株式会社）
• タカラバイオ株式会社
• 株式会社Rhelixa（レリクサ）
• 株式会社生物技研
• Gene Nex（株式会社ケミカル同仁）
• 株式会社DNAチップ研究所
• GENEWIZ（Azenta）
• ゲノムリード株式会社（谷口歯科医院 口腔常在微生物叢解析センター）
• GeneBay（株式会社ジーンベイ）
• FASMAC（株式会社ファスマック）
• 北海道システム・サイエンス株式会社
• KPSL（九州プロサーチ有限責任事業組合）

詳細は各業者へ問い合わせをお願いします。

RNA-Seq受託解託サービスを依頼する際の流れは以下の通りです。

RNA-Seq一括見積サービスをご利用いただくと、まとめていくつかの業者に問い合わせが可能です。是非ご利用ください。