ナノポアシーケンサーとは？
ナノポアシーケンサーとは？
ナノポアシーケンサーとはDNAやRNAの配列を読み取るためのシーケンサーの一種です。 Oxford Nanopore Technologies社から販売されているナノポアシーケンサーが特に有名です。
ナノポアシーケンサーの原理
DNAを１分子ずつタンパク質の小さな穴(ナノポア)に通し、通過する際の電流の変化を計測することで塩基配列を決定します。DNAの合成や増幅に頼らずヌクレオチドを直接読み取っている点が従来のシーケンサーとは大きく異なります。
ナノポアシーケンサーの特徴
- 小型で持ち運びが容易
- 大きな初期投資が不要
- リアルタイムに長鎖DNAを読み取ることが可能
ナノポアシーケンサーの種類
Oxford Nanopore Technologies社から3種類のナノポアシーケンサーが販売されています。
MinION
ポケットに入るほど小さいデバイスで最大48Gbのシーケンスデータが取得できます。
GridION
ベンチトップ型のシーケンサーで、MinION5つ分の解析が可能です。
PromethION
大規模なシーケンスを行うことができる装置です。最大で13.3 Tbのシーケンスデータが取得できます。
他のシーケンサーとの比較
Illumina社のシーケンサー
Illumina社のシーケンサーと比べるとナノポアシーケンサーは長いリードが取得可能です。 ただし、エラー率の観点ではナノポアシーケンサーはIllumina社のシーケンサーに劣ります。 また、データ量あたりのコストもIllumina社のシーケンサーの方が安価です。
PacBio社のシーケンサー
PacBio社のシーケンサーはナノポアシーケンサーと同様に長いリードが取得可能です。 そのため、同じような用途で使用されることも多くあります。
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