バイオインフォマティクス初心者向けRNA-Seqデータ解析入門
バイオインフォマティクス初心者向けのRNA-Seqデータ解析オンライン学習サービスです。
RNA-Seqデータ解析を行ううえで、初心者にとってはLinuxの準備やソフトウェアのインストール等の解析環境を準備することが大変であることが想定されます。 本サービスでは、ブラウザ上でRNA-Seqデータ解析を行える環境を用意しており、初心者でもすぐに学習を始めることができます。
環境構築不要でRNA-Seqのデータ解析の学習が可能です
学習できる内容
遺伝子ごとの発現量算出
次世代シーケンサーから出力される生データからスタートして、遺伝子ごと（アイソフォームごとではない）の発現量を算出するところまでのレッスンです。 ゲノム配列および遺伝子アノテーション情報が存在している生物種を対象とします。
使用するソフトウェア: HISAT2、featureCounts
遺伝子ごとおよびアイソフォームごとの発現量算出
次世代シーケンサーから出力される生データからスタートして、遺伝子ごとおよびアイソフォームごとの発現量を算出するところまでのレッスンです。 ゲノム配列および遺伝子アノテーション情報が存在している生物種を対象とします。
使用するソフトウェア: HISAT2、RSEM
新規転写産物の同定と発現量算出
次世代シーケンサーから出力される生データからスタートして、新規転写産物の同定および発現量の算出を行うところまでのレッスンです。 ゲノム配列が存在している(遺伝子アノテーション情報は必須ではない)生物種を対象とします。
使用するソフトウェア: HISAT2、StringTie
超高速な発現量算出
次世代シーケンサーから出力される生データからスタートして、遺伝子ごとの発現量を算出するところまでのレッスンです。 マッピング結果であるBAMファイルは得られませんが、超高速に発現量の結果が得られます。 転写産物の参照配列が存在している生物種を対象とします。
使用するソフトウェア: Salmon
比較
当サービスでは月額680円(3日間無料)でRNA-Seq解析を学習できます。
| 当サービス | 本やWEB | セミナー | |
| 価格 | 月額680円(3日間無償) | 〜数万円 | 無償/有償 |
|---|---|---|---|
| 解析環境 | ブラウザ上で解析可能 | 準備が必要 | 準備が必要 |
| 学習するタイミング | いつでも良い | いつでも良い | 開催時のみ |
| 質問 | いつでも良い | 難しい | 開催時のみ |