fold changeとは？logFCとは？
fold changeとは？
fold changeとは２つの測定間でどの程度変化があったか表現する指標です。マイクロアレイやRNA-Seq解析のような遺伝子発現解析においては、サンプル間もしくは群間の発現比を意味します。
logFCとは？
fold changeを対数変換したもの(log fold change, log2 fold change)をlogFCと表記することがあります。多くの場合で底は2です。
fold change / logFC の具体例
例えば、コントロール群で平均発現量が100、処置群で平均発現量が200の場合にはfold changeは2、logFCは1となります。
| 遺伝子名 | コントロール群の平均発現量 | 処置群の平均発現量 | fold change | logFC |
| 遺伝子A | 100 | 200 | 2 | 1 |
| 遺伝子B | 100 | 400 | 4 | 2 |
| 遺伝子C | 200 | 100 | 0.5 | -1 |
マイクロアレイやRNA-Seq解析のような遺伝子発現解析において、Volcano plotやMA plotといった図がよく描画されます。Volcano plotのx軸、MA plotのy軸はlogFCが対応しています。
Volcano plotの例
MA plotの例
論文に必要な解析が簡単にできるRNA-Seqデータ解析ツール
RNA-Seqデータ解析ツールを利用すれば、外部委託や共同研究者への依頼は必要ありません。高スペックなコンピュータの準備やLinuxコマンドの操作も不要ですので、いますぐにご自身で解析できるようになります。
遺伝子発現量の定量、発現変動遺伝子抽出(DEG解析)、Volcano plot描画、MAプロット描画、ヒートマップ描画、GO解析、パスウェイ解析等 を簡単に実施できます。