MA plot(MAプロット)
MA plotとは？
MA plot(MAプロット)は、マイクロアレイやRNA-Seqデータの分析において使用されるグラフの１つです。 x軸は遺伝子の平均発現量(logCPM)、y軸はグループ間での発現の変動比(logFC)を表し、各遺伝子は1つの点としてプロットされます。 遺伝子の発現がグループ間で等しい場合、点は図の上下中央に表示されます（y = 0）。遺伝子の発現が異なる場合、点は上下にずれます。
MA plotの見方
中央から上下にずれている遺伝子では、グループ間で発現量に差があることが示唆されます。
ただし、平均発現量が低い遺伝子では発現量がばらつきやすいため、上下にずれているからといって必ずしもそれが意味のある変動であるとは限りませんので注意が必要です。
また、データ処理に問題がある場合、MA plotが不自然な形を示すことがあります。 MA plotが典型的な形をしていない場合には、まずはデータ処理等に何か問題がある可能性を疑うのが良いでしょう。
MA plotは遺伝子発現データの解釈に役立ちますが、単独ではなく、他の解析手法や統計的な手法と組み合わせて使用することが推奨されます。
MA plotの例
論文に必要な解析が簡単にできるRNA-Seqデータ解析ツール
RNA-Seqデータ解析ツールを利用すれば、外部委託や共同研究者への依頼は必要ありません。高スペックなコンピュータの準備やLinuxコマンドの操作も不要ですので、いますぐにご自身で解析できるようになります。
遺伝子発現量の定量、発現変動遺伝子抽出(DEG解析)、Volcano plot描画、MAプロット描画、ヒートマップ描画、GO解析、パスウェイ解析等 を簡単に実施できます。