MA plot(MAプロット)とは？MA plotの描画方法
更新日: 2026/6/29
📖 RNA-Seqデータ解析の全体の流れも合わせてご覧ください。
MA plotとは？
MA plot(MAプロット)は、マイクロアレイやRNA-Seqデータの分析において使用されるグラフの１つです。 x軸は遺伝子の平均発現量(logCPM)、y軸はグループ間での発現の変動比(logFC)を表し、各遺伝子は1つの点としてプロットされます。 遺伝子の発現がグループ間で等しい場合、点は図の上下中央に表示されます（y = 0）。遺伝子の発現が異なる場合、点は上下にずれます。
MA plotの見方
中央から上下にずれている遺伝子では、グループ間で発現量に差があることが示唆されます。
ただし、平均発現量が低い遺伝子では発現量がばらつきやすいため、上下にずれているからといって必ずしもそれが意味のある変動であるとは限りませんので注意が必要です。
また、データ処理に問題がある場合、MA plotが不自然な形を示すことがあります。 MA plotが典型的な形をしていない場合には、まずはデータ処理等に何か問題がある可能性を疑うのが良いでしょう。
MA plotは遺伝子発現データの解釈に役立ちますが、単独ではなく、他の解析手法や統計的な手法と組み合わせて使用することが推奨されます。
MA plotの例
MA plotを描画する方法
MA plotを描画するにはRやPythonによるプログラミングが必要になることが多く、さらにその前段階として遺伝子発現量の定量や発現変動遺伝子の抽出（DEG解析）を済ませておく必要があります。
OlvToolsを使えば、R言語やPythonの知識も高スペックなコンピュータも必要ありません。遺伝子発現量の定量や発現変動遺伝子の抽出からMA plotの描画まで、一連の解析をブラウザ上で簡単に行えます。
