制限酵素認識部位検索ツール

制限酵素は、DNAの特定の短い塩基配列を目印にして二本鎖DNAを切断する酵素です。 この目印になる塩基配列を認識配列（認識部位）、実際に切れる位置を切断部位と呼びます。 たとえばEcoRIは「GAATTC」を認識し、GとAの間（Gの3'側）で切断します。

多くの制限酵素の認識配列はパリンドローム（2本の鎖をそれぞれ5'→3'の向きで読むと同じ配列になる）です。 EcoRIのGAATTCも、相補鎖を5'→3'で読むとGAATTCです。 そのため2本の鎖が対称の位置で切断され、突出末端どうしが結合できる切り口になります。

• 調べたいDNAの塩基配列を貼り付けて「制限酵素認識部位を検索する」を押します。
• FASTA形式のまま貼り付けられます。ヘッダ行・改行・空白・行番号は自動で取り除きます。大文字と小文字のどちらでも構いません。
• 「対象とする制限酵素」を開くと、調べる制限酵素を絞り込めます。選択した内容は次回の訪問時にも残ります。
• 検索結果の「切断位置」欄に出る数字は、貼り付けた配列の5'側から数えて何番目の塩基の後ろで切れるかを表します。突出末端になる制限酵素は「貼り付けた配列側の切断位置／相補鎖側の切断位置」の形で表示します。たとえば92/96 は、貼り付けた配列が92番目の後ろ、相補鎖が96番目の後ろで切れることを意味します。2本の鎖の切断位置が4塩基ずれるので、切り口は4塩基の突出末端になります。平滑末端の制限酵素は2本の鎖が同じ位置で切れるため、数字が1つだけになります。

多くの大腸菌はDamメチラーゼとDcmメチラーゼを持っています。このような株でプラスミドを増やすと、次の配列がメチル化されます。

• Dam: GATC のアデニンをメチル化
• Dcm: CCAGG / CCTGG のシトシンをメチル化

メチル化された配列に重なる認識部位は、制限酵素によっては切断できなくなります。 ただし、認識配列にGATCを含んでいても影響を受けない制限酵素があります。BamHI（GGATCC）やBglII（AGATCT）はGATCを内包していますが、Damメチル化を受けても切断できます。 同じGATCを認識する制限酵素でも、MboI（GATC）はDamメチル化を受けると切れなくなり、Sau3AI（GATC）はメチル化されていても切れます。

本ツールでは、感受性のある制限酵素の認識部位が、実際にあなたの配列上のメチル化配列と重なっているときに警告を出します。対応している40種類のうち該当するのは、XbaI・ClaI・TaqI・MboI（いずれもDam）とApaI（Dcm）の5種類です。

クローニングでよく使われる40種類の制限酵素に対応しています。