プライマー設計ツール

PCRやサンガーシーケンスを実施する上で、プライマーを適切に設計することは非常に重要なことです。プライマーを設計する際には、以下の点に注意する必要があります。

• プライマーの長さ
• 増幅産物の長さ
• プライマーのGC含量
• プライマーのTm値
• プライマーが二次構造を持たないこと
• プライマーの特異性

上記を満たす塩基配列を目視で探すことは非常に大変です。本ツールは、これらを満たす塩基配列を機械的に探すことでプライマー設計を効率化します。

• テンプレート配列を入力して「プライマーを設計する」ボタンをクリックすると、最適なプライマーペアを出力します。
• テンプレート配列を入力後に「標的領域を設定」をクリックすると、増幅産物に含まれる領域を指定することができます。
• テンプレート配列を入力後に「オーバーラップを設定」をクリックすると、指定箇所にオーバラップするプライマーを設計することができます。
• テンプレート配列を入力後に「除外領域を設定」をクリックすると、プライマーの設計対象から除外する領域を指定することができます。
• 詳細設定にて、プライマーの長さ、増幅産物の長さ、プライマーのGC含量、プライマーのTm値を指定することができます。
• 詳細設定の「現在の設定を保存」をクリックすると設定を保存することができます。
• 詳細設定の「保存した設定を使用」をクリックすると保存した設定を使用することができます。
• プライマー設計後に表示される「テンプレート配列上で確認」をクリックすると、プライマーが設計された位置や標的領域や除外領域の位置を確認することができます。
• プライマー設計後に表示される「特異性のチェック」をクリックすると、テンプレート配列以外に増幅が起こりそうな箇所を提示します。

• プライマー設計結果
• プライマー管理

• Untergasser A, Cutcutache I, Koressaar T, Ye J, Faircloth BC, Remm M and Rozen SG. Primer3--new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Res. 2012 Aug 1;40(15):e115.
• Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990) “Basic local alignment search tool.” J. Mol. Biol. 215:403-410.